SMA Pangudi Luhur Yogyakarta awalnya adalah Sekolah Guru Atas Katolik (SGAK) khusus untuk laki-laki, yang berdiri pada bulan April 1949. Sekolah ini semula dikelola oleh Pater-Pater Yesuit (anggota Serikat Yesus/Societas Iesu/Society of Jesus), sebuah ordo religius Katolik yang dikenal dengan fokus pada pendidikan, misi, dan pelayanan sosial.

Pada tanggal 1 Agustus 1952, pengelolaan diserahkan kepada Bruder FIC (Fratrum Immaculatae Conceptionis), sebuah kongregasi religius Katolik Roma yang didirikan oleh Mgr. Ludovicus Rutten pada tahun 1840 di Maastricht, Belanda. Bruder FIC dikenal dengan pelayanan pendidikan dan kemanusiaan, terutama bagi anak-anak yang membutuhkan. Sejak itu, perjalanan SMA PL dijiwai nilai-nilai luhur warisan Br. Bernardus Hoecken, bruder pertama Kongregasi FIC. Pada waktu itu, kegiatan belajar masih menggunakan gedung SD.

Pada tahun 1973, SGAK berubah menjadi SPG (Sekolah Pendidikan Guru). Lalu pada tahun 1983, menempati gedung peninggalan SMP Pangudi Luhur di Jl. Panembahan Senopati Yogyakarta, karena SMP tersebut sudah menempati gedung baru di kompleks Baciro, Jl. Timoho II/29 Muja-Muju, Umbul Harjo, Yogyakarta (sekarang menjadi SMP Pangudi Luhur 1 Yogyakarta).

Sejarah panjang SMA Pangudi Luhur Yogyakarta adalah bukti nyata bagaimana sebuah lembaga pendidikan dapat bertumbuh bersama zaman, tanpa kehilangan jati diri dan nilai-nilai luhur yang diwariskan sejak awal berdirinya. Dari SGAK di tahun 1949, kemudian berkembang menjadi SPG, hingga akhirnya menjadi SMA yang kita kenal hari ini, seluruh perjalanan ini mencerminkan kesetiaan, ketekunan, dan pengabdian yang tidak pernah padam.

SMA Pangudi Luhur Yogyakarta bukan hanya tempat belajar akademik, tetapi juga rumah pembentukan karakter, tempat menumbuhkan iman, budi pekerti, dan kepedulian sosial. Di tengah perubahan dunia yang semakin cepat, sekolah ini tetap berdiri kokoh sebagai pelita yang menuntun generasi muda agar mampu membaca tanda-tanda zaman, sekaligus berpegang teguh pada nilai-nilai iman, integritas, dan budaya.

Dengan semangat “Setya dalam hati, Brata dalam aksi, Prasetya dalam misi”, SMA Pangudi Luhur Yogyakarta terus melangkah pasti menuju masa depan, mencetak generasi yang siap mengabdi bagi Tuhan, nusa, dan bangsa.